環狀RNA測序是新興的轉錄組測序技術。過去普遍認為細胞內的非編碼RNA多以線型存在,近年來越來越多的研究發現,環狀RNA在哺乳動物細胞內的表達量遠高于普遍認識水平。環狀RNA可以參與基因的表達調控,例如封閉miRNA的作用、調節本位基因的表達等,是長鏈非編碼RNA研究中的一個新的研究熱點。
分析流程
生物信息學分析:
ciRNA(ciRS-7)
與腫瘤抑制基因競爭miRNA而調控癌癥發生
圖片來源
Peng L, Yuan XQ, Li GC. The emerging landscape of circular RNA ciRS-7 in
cancer Oncol Rep. 2015 Jun;33(6):2669-74.
樣品要求
樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品;
樣品的量:細胞樣品請提供至少1×107個細胞,組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片,RNA樣品請提供2
μg以上的總RNA;
樣品質量:RNA無明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥
7;
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融;
樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運輸。
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