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small RNA測序

small RNA是生命活動重要的調控因子,在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病的發生等生理過程中起著重要的作用,包括miRNA、piRNA和siRNA。
A.miRNA: 是一種長度為21~25nt的單鏈小分子RNA。它廣泛存在于真核生物中,成熟的miRNA是由具發夾結構單鏈RNA前體(pre miRNA)經過Dicer酶加工而成,主要通過與靶標基因不完全互補結合來調控靶基因的表達。miRNA在細胞發育、生物標志物、腫瘤等多個領域中有廣泛的應用。
B. piRNA: 是一類長度為26~31nt單鏈的小RNA,大部分集中在29~30nt。piRNA的表達具有組織特異性,只存在于具有全能性的動物細胞,如生殖細胞、腫瘤細胞和干細胞等。piRNA通過與Piwi亞家族蛋白結合形成piRNA復合物(piRC)來發揮生物學功能(沉默轉錄基因過程,維持生殖系和干細胞功能,調節翻譯和mRNA的穩定性)。此外,piRNA在一些癌癥細胞中存在異常表達的現象,提示piRNA可能參與癌癥的發生,并可作為癌癥診斷和治療中的潛在生物標記物。
C. siRNA:內源性干擾小RNA(siRNA, Small interfering RNA),包括ta-siRNA、ra-siRNA和nat-siRNA。ta-siRNA:天然反義轉錄小干擾RNA,由TAS基因編碼,miRNA剪切產生,21nt,作用機制類似于miRNA;ra-siRNA:由重復序列、轉座子、異染色質產生,多為24nt;nat-siRNA:由天然反義轉錄本(序列與同區域互補鏈上基因的mRNA方向相反且發生部分重疊)產生。siRNA的功能主要與植物脅迫和生物發育相關。

分析流程

 

生物信息學分析:



去載體后測序質量圖


文氏圖


分層聚類


網絡調控互作圖

樣品要求
樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品;
樣品的量:細胞樣品請提供至少1×
107個細胞,組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片,RNA樣品請提供2 μg以上的總RNA;
樣品質量:RNA無明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 7;
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融;
樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運輸。



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