長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指長度在200~100000 nt之間不具有蛋白編碼功能的RNA分子。它們存在帶polyA尾和不帶polyA尾兩種形式,具有跨物種的低保守性,組織特異性表達和豐度低等特點。lncRNA的種類遠遠超過編碼RNA,保守估計哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生lncRNA轉錄本,而相應的蛋白編碼RNA的比例僅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能機制主要包括參與轉錄調控、轉錄后調控、蛋白質運輸和mRNA降解。lncRNA已經成為非編碼RNA研究領域的一個熱點,借助高通量測序,研究人員能夠快速獲得與疾病或者特定生物學過程相關的lncRNA并進行深入研究。
技術優勢
和芯片相比,不依賴已知數據庫,可預測未知的長鏈非編碼RNA并定量其表達。
分析流程
生物信息學分析:
LncRNA統計
LncRNA GO富集分析和KEGG pathway富集分析
數據來源
Soreq L, Guffanti A, Salomonis N, Simchovitz A, Israel Z, Bergman H, Soreq H.
Long non-coding RNA and alternative splicing modulations in Parkinson's
leukocytes identified by RNA sequencing. PLoS Comput Biol. 2014 Mar
20;10(3):e1003517
Wei Yang, Yuan Li, Fawei He, and Haixiang Wu. Microarray profiling of long
non-coding RNA (lncRNA) associated with hypertrophic cardiomyopathy
corresponding author. BMC Cardiovasc Disord. 2015; 15: 62.
樣品要求
樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品;
樣品的量:細胞樣品請提供至少1×107個細胞,組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片,RNA樣品請提供2
μg以上的總RNA;
樣品質量:RNA無明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥
7;
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融;
樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運輸。
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